| 莫翠萍1, 陈锦清1, 李祐聪1, 2, 谢慧婷1, 秦碧霞1, 崔丽贤1, 李飞飞4, 汤亚飞3, 蔡健和1*, 李战彪1*.芜菁花叶病毒广西大化菜心分离物全基因组序列特征分析[J].植物保护,2025,51(4):81-87. |
| 芜菁花叶病毒广西大化菜心分离物全基因组序列特征分析 |
| Complete genome sequence analysis of turnip mosaic virus isolate from Brassica rapa var. chinensis in Dahua, Guangxi, China |
| 投稿时间：2024-09-10 修订日期：2024-11-26 |
| DOI：10.16688/j.zwbh.2024472 |
| 中文关键词: 广西 菜心 芜菁花叶病毒 全基因组序列 world-B组 |
| 英文关键词:Guangxi Brassica rapa var. chinensis turnip mosaic virus complete genome world-B group |
| 基金项目:广西自然科学基金（2020GXNSFAA259003）；广西农业科学院基本科研业务专项（桂农科 2021YT071, 桂农科2024ZX08） |
| 作者 | 单位 | E-mail | | 莫翠萍1, 陈锦清1, 李祐聪1, 2, 谢慧婷1, 秦碧霞1, 崔丽贤1, 李飞飞4, 汤亚飞3, 蔡健和1*, 李战彪1* | 1. 广西壮族自治区农业科学院植物保护研究所, 农业农村部华南果蔬绿色防控重点实验室, 广西作物病虫害生物学重点实验室, 南宁 530007
2. 广西大学农学院, 南宁 530004
3. 广东省农业科学院植物保护研究所, 广东省植物保护新技术重点实验室, 广州 510640
4. 广西农业职业技术大学, 南宁 530007 | 蔡健和caijianhe@gxaas.net; 李战彪lizhanbizo8410@sina.com |
|
| 摘要点击次数: 101 |
| 全文下载次数: 368 |
| 中文摘要: |
| 为明确引起广西大化菜心表现花叶斑驳症状的病毒病原, 从广西大化采集4个表现典型症状的菜心样品, 采用反转录-聚合酶链式反应(reverse transcription-polymerase chain reaction, RT-PCR)、DNA分段克隆、cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends, RACE)和遗传进化树构建等方法对样品进行了检测鉴定、全基因组序列克隆和遗传进化分析。〖JP+1〗结果显示, 利用马铃薯Y病毒属通用简并引物从4个菜心样品中均能扩增出目的片段, 将所得PCR产物克隆并测序, 所得序列与NCBI中报道的芜菁花叶病毒(turnip mosaic virus, TuMV)分离物具有较高的核苷酸相似性, 结果初步证实所采集的菜心样品感染了TuMV; 利用7对特异引物和5′/3′RACE引物对TuMV广西菜心分离物的全基因序列进行分段克隆、测序, 最终获得一条大小为9 834 nt的全长基因组序列。BLAST分析发现，该序列与TuMV其他分离物的基因组序列一致性为77.84%~96.06%, 其中与中国云南安宁分离物TuMV_CHN229(登录号:LC537500.1)的一致性最高(96.06%), 依据上述结果将该分离物命名为TuMV_GXdh1(GenBank登录号:PP079014)。遗传进化分析结果显示, TuMV_GXdh1与中国北京、山东、广东、台湾等分离物以及美国、日本等14 个分离物聚集在一个大分支上, 分属于world-B组, 其中与中国云南安宁分离物和浙江杭州分离物(TuMV_CHZH33A, GenBank登录号:LC537526.1)聚集在一个小分支, 亲缘关系最近。综上, 本研究首次获得TuMV广西分离物的全基因序列, 并对其遗传进化等进行了分析。 |
| 英文摘要: |
| To determine the viral pathogen responsible for mosaic and mottling symptoms observed on Brassica rapa var. chinensis in Dahua, Guangxi, China, four samples with typical symptoms were collected for molecular analysis. Reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR), DNA fragment cloning, rapid amplification of cDNA ends (RACE) and phylogenetic analysis were performed. Using universal degenerate primers targeting Potyvirus species, PCR amplification yielded expected products from all four samples. Subsequent cloning and sequencing revealed high nucleotide identity with turnip mosaic virus (TuMV), confirming infection by TuMV. Full-length genome sequencing of a representative isolate was achieved using seven specific primer pairs along with 5′ and 3′ RACE primers. The complete genome was 9 834 nucleotides in length. BLAST analysis showed that the sequence shared 77.8%-96.06% nucleotide identity with other TuMV isolates in GenBank, with the highest similarity (96.06%) to isolate TuMV_CHN229 from Anning, Yunnan (GenBank accession: LC537500.1). This isolate was designated TuMV_GXdh1 (GenBank accession: PP079014). Phylogenetic analysis based on the complete genome showed that TuMV_GXdh1 clustered within the world-B group, forming a subgroup with the Yunnan TuMV_CHN229 and Zhejiang TuMV_CHZH33A isolates (GenBank accession: LC537526.1), indicating a close evolutionary relationship. This study represents the first report of a full genome sequence of TuMV from Guangxi, providing new insights into its molecular characteristics and phylogenetic placement. |
| 查看全文 查看/发表评论 下载PDF阅读器 |
| 关闭 |
|
|
|
